Pour l'accomplissement du troisième cycle court, les élèves pharmaciens de l'Ecole de santé des armées sont détachés à l'Ecole du Val-de-Grâce, où ils reçoivent une formation spécifique théorique et pratique. Ils effectuent un stage de pratique professionnelle dans un hôpital d'instruction des armées ou dans un autre établissement des armées pour une durée de six mois.
La nature du stage est en rapport avec les emplois offerts aux pharmaciens des armées.
Le ou les conseils des unités de formation et de recherche où ils sont inscrits fixent chaque année, sur proposition du ministre de la défense et après approbation par le ou les présidents d'université, l'organisation et les règles de validation des enseignements théoriques et pratiques reçus hors des unités de formation et de recherche où les élèves pharmaciens des armées sont inscrits.