Il est créé une mission d'audit interne des ministères, directement rattachée au ministre chargé du budget. Elle pilote et anime la fonction d'audit interne sur le périmètre de compétence des ministères.
Elle est dirigée par un membre du service de l'inspection générale des finances nommé par le ministre chargé du budget, après accord des ministres chargés du commerce extérieur, du redressement productif, de l'artisanat, du commerce et du tourisme, de la réforme de l'Etat, de la décentralisation et de la fonction publique. Elle rassemble les représentants des différents corps et services d'inspection, de contrôle et d'audit des ministères contribuant aux travaux d'audit interne. Le chef de la mission d'audit interne des ministères est membre du comité d'harmonisation de l'audit interne institué par le décret du 28 juin 2011 susvisé.
Elle définit la méthodologie applicable à l'audit interne des ministères en conformité avec le cadre de référence de l'audit interne élaboré par le comité d'harmonisation de l'audit interne. Elle veille à la diffusion des bonnes pratiques au sein des ministères.
Elle est chargée d'élaborer, sur la base d'une analyse fondée sur les risques, le programme d'audit interne. Ce programme est transmis au comité d'audit interne des ministères pour approbation.
La mission d'audit interne met en œuvre le programme d'audit interne et s'assure des suites données aux recommandations adoptées à l'issue des audits.
Pour la réalisation des missions de l'audit interne ministériel, les corps et services d'inspection, de contrôle et d'audit des ministères mettent à la disposition du chef de la mission d'audit interne les moyens adaptés au programme d'audit approuvé par le comité d'audit interne.
Le chef de la mission d'audit interne est chargé des fonctions de supervision qu'il peut déléguer en tant que de besoin à un autre membre de la mission.
Il dispose de l'appui du secrétariat général des ministères qui l'assiste dans la tenue du secrétariat du comité d'audit interne et dans le suivi opérationnel des missions d'audit.