Sur chaque lieu de stage, un responsable pédagogique coordonne les activités des étudiants durant le stage. Il désigne des médecins référents de stage, formés à la pédagogie au cours des sessions de formation à l'encadrement et à la pédagogie organisées par les unités de formation et de recherche de médecine. Le référent accueille et encadre l'étudiant sur le lieu de stage. Il met en œuvre les activités pédagogiques adaptées à la construction des compétences à acquérir par l'étudiant et à son évaluation. Il définit le positionnement de l'étudiant dans l'équipe de soins.
L'identification des objectifs pédagogiques et le suivi de la progression de l'étudiant figurent dans un carnet de stage dans lequel sont répertoriées les situations que l'étudiant peut rencontrer. Ces situations lui permettent d'acquérir les compétences nécessaires à la validation du deuxième cycle et notamment de poursuivre l'apprentissage de la réflexion éthique.
L'étudiant est informé des connaissances et compétences à acquérir au cours du stage ; cette information lui permet de s'autoévaluer.
La progression de l'étudiant pendant le stage est évaluée par le référent de stage. L'évaluation finale du stage intervient à l'issue d'un entretien entre l'étudiant et le référent de stage, en accord avec le responsable pédagogique. Elle porte notamment sur des activités adaptées aux compétences transversales et spécifiques à acquérir par l'étudiant.
Les lieux de stages font l'objet d'une évaluation par les étudiants.