Le paiement de l'aide est effectué sur présentation d'un dossier de liquidation, dont la composition est fixée par circulaire du ministre délégué auprès de la ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie, en charge des transports, de la mer et de la pêche, comprenant notamment le certificat de radiation.
Le certificat de radiation est délivré par le service des douanes sur présentation d'une attestation de destruction délivrée par les centres de sécurité de la navigation des directions interrégionales de la mer et sous réserve de la levée des hypothèques enregistrées auprès du conservateur des hypothèques.
Dans le cas d'une cession à l'Etat conformément à l'article 5 du présent arrêté, le certificat de radiation et l'attestation de destruction ou d'innavigabilité seront remplacés par les pièces suivantes :
― acte de vente à titre gracieux du navire à l'Etat français ;
― certificat de non-inscription hypothécaire établi par la recette régionale des douanes ;
― attestation de changement de statut du navire ;
― certificat de service fait établi par le directeur interrégional de la mer Méditerranée ou son représentant au vu des trois pièces précédentes.