La taxe annuelle mentionnée à l'article L. 4316-3 est due par les titulaires d'ouvrages de prise d'eau, de rejet d'eau ou autres ouvrages et détenteurs à ce titre d'une autorisation d'occupation du domaine délivrée avant le 1er janvier de l'année au titre de laquelle est perçue la taxe, quelle que soit l'autorité qui a délivré l'autorisation.
Les redevables adressent au comptable de Voies navigables de France leur déclaration accompagnée du paiement de la taxe avant le 1er mai de l'année au titre de laquelle cette taxe est due.
Toutefois, la taxe peut donner lieu, à partir de la deuxième année d'assujettissement, au versement d'acomptes avant le 1er février et avant le 1er mai de l'année au titre de laquelle elle est due, le solde étant acquitté avant le 1er août de la même année. Le premier acompte est égal au tiers de la taxe versée au titre de l'année précédente. Le deuxième acompte est égal à la moitié de la différence entre le montant de la taxe due, tel qu'il ressort de la déclaration effectuée au titre de l'année en cours, et le premier acompte versé.