Les commissions territoriales des voies navigables comprennent des élus locaux, des personnalités désignées par les agences de l'eau, des chambres consulaires, des grands ports maritimes, des ports autonomes, des concessionnaires de voies navigables, des professionnels du transport fluvial, des usagers des transports, des autres utilisateurs du domaine confié à l'établissement, des associations de protection de l'environnement ainsi que des représentants des personnels des services territoriaux de Voies navigables de France.