Le secrétaire de chaque conseil supérieur d'armée est un officier général ou supérieur désigné par le vice-président. Responsable de la préparation des réunions du conseil et de la confidentialité des travaux du conseil, il assiste aux réunions et assure la rédaction des procès-verbaux. Le secrétariat des conseils supérieurs d'armée est assuré en liaison avec le bureau des officiers généraux.