Le secrétaire du Conseil supérieur interarmées est un officier général ou supérieur désigné par le vice-président. Responsable de la préparation des réunions du conseil et de la confidentialité des travaux du conseil, il assiste aux réunions et assure la rédaction des procès-verbaux.
Toutefois, pour les réunions consacrées à l'avancement, le chef du bureau des officiers généraux assure le secrétariat du conseil, dans les conditions fixées à l'alinéa précédent.