Pour l'exercice de ses missions, le délégué interministériel à la Méditerranée s'appuie sur les services et organismes placés sous l'autorité du ministre des affaires étrangères.
Il peut faire appel, en tant que de besoin, aux services des autres ministères.
Il dispose de personnels mis à disposition par les ministères ou les établissements publics de l'Etat. Il peut également recourir à un nombre limité de contractuels.
La gestion administrative et budgétaire est rattachée au secrétariat général du Gouvernement.