Le déroulement de la formation d'adaptation à l'emploi est placé sous le contrôle du directeur des ressources humaines (DRH), qui confie à un opérateur, qu'il désigne parmi les établissements publics sous tutelle des ministères en charge de la jeunesse et des sports, la coordination, la mise en œuvre opérationnelle de la FAE et le suivi de chaque PPF.
Pour la durée de la formation, le directeur régional ou le directeur régional adjoint de la jeunesse, des sports et de la cohésion sociale de la région d'affectation de l'intéressé(e) assure la fonction de directeur de formation et est responsable de la FAE des agents concernés. A ce titre, il veille à la cohérence et à l'équilibre des charges d'activité entre la FAE et la situation professionnelle de l'agent.
Sur proposition du directeur de formation, la DRH désigne un référent de formation, inspecteur de la jeunesse et des sports chargé d'une fonction d'accompagnement et de tutorat des agents en FAE.
L'inspecteur général de la jeunesse et des sports référent territorial est chargé d'une mission de veille et de contrôle du bon déroulement de la formation.