Le chef du service historique de la défense dispose d'un pôle de pilotage scientifique et technique, qui lui est rattaché.
Il dispose également d'un bureau de la coordination chargé de lui proposer la programmation des activités du service et de coordonner leur réalisation.
Dans le cadre des attributions fixées par le décret du 17 janvier 2005 susvisé, le service historique de la défense assure la gestion du niveau de classification des archives de la défense protégées au titre du secret de la défense nationale. A ce titre, il procède notamment, pour le compte de l'autorité émettrice, à la déclassification des archives de la défense qui lui sont confiées.