L'ENSAM est dirigée par un directeur général assisté de directeurs généraux adjoints et d'un comité de direction. Elle est administrée par un conseil d'administration assisté d'un conseil scientifique et d'un conseil des études et de la vie à l'école.
Elle est composée de centres d'enseignement et de recherche. Elle comprend en outre des départements, des unités de recherche et des services communs.