Le ministre de l'agriculture et de l'agroalimentaire a autorité sur l'administration centrale du ministère chargé de l'agriculture, de l'alimentation et de la pêche, telle que définie par le décret du 30 juin 2008 susvisé, à l'exception de la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture.
Pour l'exercice de ses attributions dans le domaine de l'agroalimentaire, il dispose de la direction générale de la compétitivité, de l'industrie et des services.
Pour l'exercice de ses attributions en matière de commerce international, il peut faire appel à la direction générale du Trésor.