Le Conseil supérieur de la fonction publique hospitalière est présidé par un conseiller d'Etat, nommé par arrêté du ministre chargé de la santé, sur proposition du vice-président du Conseil d'Etat. Son suppléant est désigné selon les mêmes modalités.
Outre le président, le Conseil supérieur de la fonction publique hospitalière est composé de trente-deux membres titulaires nommés par arrêté du ministre chargé de la santé.