Le paiement de l'aide et de l'acompte éventuel est effectué sur présentation d'un dossier de liquidation, dont la composition est fixée par circulaire du ministre de l'agriculture, de l'alimentation, de la pêche, de la ruralité et de l'aménagement du territoire, comprenant notamment le certificat de radiation.
Le demandeur pourra obtenir un acompte d'un montant égal à la moitié de l'aide calculée sur la base de la section « I. ― Aide principale » de l'annexe du présent arrêté, à condition de procéder à la mise en état d'innavigabilité de son navire conformément aux dispositions de la note de service DPMA/SDPM/N2008-9628 du 16 octobre 2008 susvisée et d'obtenir le certificat de radiation dans un délai de trois mois à compter de la date de décision administrative d'octroi de l'aide par le préfet de région.
Le certificat de radiation est délivré par le service des douanes sur présentation d'une attestation de destruction ou d'innavigabilité délivrée par les centres de sécurité de la navigation des directions interrégionales de la mer et sous réserve de la levée des hypothèques enregistrées auprès du conservateur des hypothèques.
Dans le cas de versement d'acompte sur la base de l'innavigabilité, la destruction complète du navire devra intervenir dans les délais prévus à l'article 5, sous peine de déchéance de droit à l'intégralité de l'aide et de remboursement de l'acompte versé. Il ne pourra être procédé à aucune cession à l'Etat d'un navire ayant fait l'objet d'une attestation d'innavigabilité.
Dans le cas d'une cession à l'Etat conformément à l'article 5 du présent arrêté, le certificat de radiation et l'attestation de destruction ou d'innavigabilité seront remplacés par les pièces suivantes :
― acte de vente à titre gracieux du navire à l'Etat français ;
― certificat de non-inscription hypothécaire établi par la recette régionale des douanes ;
― attestation de changement de statut du navire ;
― certificat de service fait établi par le directeur interrégional de la mer Méditerranée ou son représentant au vu des trois pièces précédentes.