La direction générale des médias et des industries culturelles assure l'instruction des demandes de paiement et le suivi de la réalisation des projets, dans le respect notamment des dispositions des articles 13 à 16 du décret du 16 décembre 1999 susvisé.
Des opérations de contrôle ponctuel sur pièces et sur place sont organisées régulièrement, à l'initiative du ministre chargé de la communication, aux fins de constater, le cas échéant, la réalité et l'existence d'un bien ou d'un service correspondant à chaque dépense, la réalité du paiement de la dépense et la conformité de l'opération aux conditions générales des conventions conclues en application :
― du décret n° 99-79 du 5 février 1999 relatif au fonds d'aide à la modernisation de la presse quotidienne et assimilée d'information politique et générale ;
― du décret n° 2004-1313 du 26 novembre 2004 créant le fonds d'aide au développement des services en ligne des entreprises de presse ;
― du décret n° 2005-1096 du 2 septembre 2005 modifié relatif à la cessation d'activité de certains salariés de la convention collective de travail des ouvriers des entreprises de presse de la région parisienne et de la convention collective de travail des cadres techniques de la presse quotidienne parisienne ;
― du décret n° 2009-1379 du 11 novembre 2009 relatif au fonds d'aide au développement des services de presse en ligne ;
― du chapitre III du présent décret.
Ces opérations peuvent être confiées à des corps de contrôle de l'Etat, notamment l'inspection générale des affaires culturelles et le contrôle général économique et financier. Outre la vérification du respect des engagements pris, elles visent à examiner si le projet réalisé satisfait aux objectifs fixés par les textes précités, notamment au regard des conséquences économiques, industrielles et sociales des dépenses aidées.
Ces contrôles font l'objet d'un rapport annuel remis au ministre chargé de la communication. Les résultats en sont communiqués aux représentants du secteur de la presse, dans le respect du secret des affaires.