I. ― Le service du pilotage et des politiques transversales coordonne l'activité de l'opérateur national de paye conjointement avec la direction générale des finances publiques. Il pilote les différentes actions contribuant à la qualité des textes relatifs à la fonction publique. Il conduit une mission générale de connaissance statistique des trois fonctions publiques. Il exerce une mission de coordination du fonctionnement administratif et budgétaire de la direction générale et gère l'ensemble des personnels et des moyens qui lui sont affectés, en liaison avec le secrétariat général des ministères économique et financier.
II. ― Le service du pilotage et des politiques transversales comprend le département en charge de l'opérateur national de paye, le bureau de la qualité du droit, le département des études et des statistiques et le secrétariat général.