Le service de médecine de prévention ministériel a pour mission exclusive d'éviter toute altération de la santé des agents du fait de leur travail. Cette mission s'exerce par des actions sur le milieu du travail et la réalisation d'examens médicaux.
Les examens médicaux effectués dans le cadre de la surveillance médicale ont pour but d'apprécier l'aptitude des agents à leur poste de travail, d'assurer un contrôle périodique obligatoire de leur état de santé et de dépister les maladies d'origine professionnelle.
A ce titre, tout personnel civil du ministère de la défense bénéficie d'examens médicaux périodiques selon les modalités fixées par le chapitre IV du titre II du livre VI de la quatrième partie du code du travail ainsi que par les dispositions réglementaires prises en application du présent décret. Ces examens concernent notamment les visites d'affectation ou d'embauche et les visites périodiques qui donnent lieu systématiquement à la délivrance d'une fiche médicale d'aptitude.
En cas de contestation de l'avis d'aptitude au poste de travail ou des recommandations portées sur la fiche d'aptitude délivrée par le médecin de prévention, l'inspection du travail dans les armées peut être saisie par l'agent concerné ou par le chef de l'organisme.
Les missions du médecin de prévention s'exercent sans préjudice de celles du médecin agréé chargé notamment de vérifier l'aptitude à l'exercice d'un emploi public.
Dans le cadre des actions sur le milieu de travail, le service de médecine de prévention doit consacrer au moins le tiers de son temps à exercer un rôle d'analyse et de conseil pour l'adaptation et l'amélioration des conditions de travail ainsi qu'à conduire des actions d'information et d'éducation sanitaire en matière de santé et de sécurité au travail et de secourisme du travail.