Le retrait de l'agrément intervient lorsque l'une des conditions de sa délivrance n'est plus remplie ou que l'une des obligations statutaires auxquelles l'association est tenue n'est pas respectée.
Le retrait de l'agrément est prononcé par le préfet qui l'a délivré. La fédération départementale des associations agréées de pêche et de protection du milieu aquatique consultée par le préfet doit lui faire parvenir son avis dans les deux mois à compter du jour de la demande d'avis.