Chacune des écoles internes est dirigée par un directeur auprès duquel est placé un conseil d'école.
Chaque directeur est nommé pour une période de quatre ans renouvelable, par arrêté du ministre chargé de l'industrie pour ce qui concerne les écoles nationales supérieures des mines et du ministre chargé des communications électroniques pour ce qui concerne les écoles nationales supérieures des télécommunications, après avis du conseil d'école et du conseil d'administration de l'institut.
Les directeurs adjoints et les secrétaires généraux sont nommés par le directeur général de l'institut, sur proposition du directeur de l'école. Un secrétariat général commun à plusieurs écoles de l'institut peut être constitué par décision du conseil d'administration de l'institut, après avis des conseils d'école concernés. Dans ce cas, le secrétaire général est nommé sur proposition conjointe des directeurs d'écoles concernés.