Le conseil scientifique est composé d'un président et de personnalités désignés en raison de leur compétence par les ministres chargés de l'industrie et des communications électroniques, après avis du ministre chargé de la recherche, ainsi que de deux représentants des professeurs exerçant au sein des écoles des mines et de deux représentants des professeurs exerçant au sein des écoles des télécommunications, élus par leurs pairs.
Le conseil scientifique évalue et conseille l'institut sur sa stratégie de recherche et d'innovation. Il s'appuie sur les évaluations réalisées par l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur. Il peut s'organiser en section selon les domaines examinés et peut s'entourer de l'avis d'experts externes au conseil.
Le directeur général ainsi qu'un représentant désigné par le directeur de chaque école assistent aux séances du conseil scientifique, avec voix consultative.