Le conseil de gestion est composé de :
1° Cinq représentants de l'Etat :
a) Le secrétaire général des Terres australes et antarctiques françaises, disposant de deux voix ;
b) Le chef de district des Eparses, disposant de deux voix ;
c) Un chef de service de l'administration des Terres australes et antarctiques françaises désigné par le préfet, administrateur supérieur des Terres australes et antarctiques françaises, disposant de deux voix ;
d) Le directeur de la mer du sud de l'océan Indien ;
e) Le commandant de la zone maritime du sud de l'océan Indien.
2° Quatre représentants des organisations représentatives des professionnels :
a) Un représentant de la pêche hauturière ;
b) Deux représentants de la pêche artisanale mahoraise ;
c) Un représentant des activités professionnelles de nautisme.
3° Trois représentants d'associations de protection de l'environnement :
a) Un représentant d'une association nationale ;
b) Un représentant d'une association intervenant pour la protection de l'environnement en océan Indien ;
c) Un représentant d'une association mahoraise, désigné sur proposition du préfet de Mayotte.
4° Sept personnalités qualifiées :
a) Quatre personnalités choisies au sein du conseil consultatif des Terres australes et antarctiques françaises, à l'exclusion des représentants de l'Etat siégeant à ce conseil ;
b) Trois personnalités choisies au sein de la communauté scientifique :
― un spécialiste des récifs coralliens ;
― un spécialiste en halieutique ;
― un spécialiste des mammifères marins ou des tortues.
5° Le président du conseil de gestion du parc naturel marin de Mayotte.