Le comité de pilotage de l'Observatoire des abattoirs se réunit deux fois par an dans les conditions définies par l'article 5 du décret n° 2006-672 du 8 juin 2006 relatif à la création, à la composition et au fonctionnement de commissions administratives à caractère consultatif. Des groupes de travail peuvent être mis en place pour traiter des dossiers sur certaines thématiques. Des experts extérieurs peuvent y être associés en tant que de besoin. Les séances ne sont pas publiques.
Il établit un règlement intérieur dans lequel sont rappelées et éventuellement précisées les dispositions du présent arrêté. Chaque année, un rapport d'activité est produit dans lequel seront présentés notamment l'analyse de l'évolution des indicateurs choisis ainsi qu'un programme de travail pour l'exercice suivant.
Le comité de pilotage peut décider de procéder à l'audition de toute personne extérieure, dans les conditions définies par l'article 6 du décret n° 2006-672 du 8 juin 2006 relatif à la création, à la composition et au fonctionnement de commissions administratives à caractère consultatif.
Les membres du comité de pilotage sont tenus au secret professionnel pour les faits, actes et renseignements dont ils ont pu avoir connaissance en raison de leurs fonctions.