Le président du haut comité de la qualité de service dans les transports est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé des transports et du ministre chargé de la consommation parmi les parlementaires membres du haut comité. Il est assisté d'un vice-président choisi parmi les membres du haut comité et nommé dans les mêmes conditions que le président.
En cas d'absence ou d'empêchement du président, le vice-président assure la présidence du haut comité.