Sur la base de l'enveloppe régionale indicative mentionnée à l'article 3, le directeur général de l'agence régionale de santé réunit la commission prévue au 2° de l'article L. 1432-1 du code de la santé publique. Cette commission est chargée de donner un avis sur le montant de l'aide attribuée à chaque service et sur les plans de retour à l'équilibre envoyés par les services, après instruction individuelle des dossiers par les services de l'agence régionale de santé et avis, dans les cas les plus complexes et sur un nombre limité de dossiers, de la direction régionale des finances publiques. Après avis de la commission, le directeur général de l'agence régionale de santé décide du montant de l'aide attribuée dans le cadre du contrat pluriannuel signé avec le service.
Les plans de retour à l'équilibre sont assortis d'indicateurs qui permettent de vérifier le respect des engagements pris par chaque service.