Le secrétariat du Conseil commun est assuré par la direction générale de l'administration et de la fonction publique.
Après chaque séance de l'assemblée plénière et de la formation spécialisée, un procès-verbal est établi. Ce document est signé par le président et transmis dans un délai d'un mois aux membres du Conseil commun. Il est soumis à l'approbation des membres du Conseil commun lors de la séance suivante.