Les animaux servant à la production des ingrédients portant les mentions prévues aux articles 4 et 5 peuvent être issus d'exploitations dans lesquelles sont présents des animaux nourris selon d'autres pratiques, pour autant qu'ils soient élevés dans des unités séparées, que les aliments pour animaux soient stockés séparément et qu'il s'agisse d'espèces animales différentes.
En l'absence d'unités de production séparées pour la fabrication des ingrédients et aliments pour animaux sans organismes génétiquement modifiés, les mentions prévues aux articles 3, 4 et 5 ne peuvent être utilisées que si sont mises en place, après la fabrication de produits contenant des organismes génétiquement modifiés, des procédures de nettoyage des installations et du matériel utilisés ou toute autre mesure alternative permettant d'éviter la présence de traces de ces organismes génétiquement modifiés.
Les systèmes et procédures permettant de justifier de la conformité de l'étiquetage des denrées alimentaires ou aliments pour animaux utilisés sont tenus à la disposition des agents chargés du contrôle pendant une période de cinq ans. Dans le cas de produits issus de l'apiculture, les localisations précises des ruches au cours de la production sont conservées pendant la même durée.