Le conseil comprend les membres suivants nommés, dans les conditions de l'article 12 du décret du 27 octobre 2011 susvisé, sur proposition du directeur général de l'institut après accord des autorités auprès desquelles les personnes proposées sont placées :
1° Huit personnalités scientifiques extérieures à l'institut, françaises ou étrangères, appartenant à la communauté scientifique ou aux secteurs économiques et sociaux ;
2° Cinq représentants des ministres chargés respectivement de l'équipement, des forêts, de la recherche, de l'enseignement supérieur et de l'environnement ;
3° Un représentant de la direction générale de l'armement ;
4° Un représentant du service hydrographique et océanographique de la marine ;
5° Un représentant du Centre national d'études spatiales ;
6° Un représentant du Centre national de la recherche scientifique ;
7° Un représentant de l'Institut national des sciences de l'Univers ;
8° Un représentant de l'Institut national de la recherche agronomique ;
9° Un représentant de l'Ecole nationale des sciences géographiques ;
10° Un représentant élu des chercheurs de l'institut, au vu des résultats du scrutin dont les modalités sont arrêtées par le directeur général.
Le conseil doit comporter au moins cinq docteurs d'Etat ou personnalités titulaires d'une habilitation à diriger les recherches.
En cas de vacance survenant pour quelque cause que ce soit plus de six mois avant l'expiration du mandat d'un membre du conseil, il est procédé à son remplacement pour la durée restant à courir de ce mandat.