L'Agence pour l'enseignement français à l'étranger est chargée de la gestion administrative et financière de la labellisation ainsi que du secrétariat et de la préparation des réunions de la commission consultative.
Son conseil d'administration fixe, sur proposition du directeur de l'agence et après consultation de la commission mentionnée à l'article précédent, le montant de la cotisation annuelle que chaque centre doit acquitter pour bénéficier du label « LabelFrancEducation ». L'agence perçoit les droits afférents à la labellisation.
L'agence élabore les formulaires d'audit, participe à la mission d'audit, collecte et instruit les dossiers des établissements candidats et les présente à la commission consultative.
L'agence élabore les outils de communication du label et participe à sa promotion.