Son président est nommé par le ministre chargé de l'éducation nationale. Il est assisté de deux vice-présidents, l'un nommé par le ministre chargé de l'enseignement supérieur et de la recherche, l'autre par le directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés.
La durée du mandat du président et des vice-présidents est identique à celle du mandat des membres du conseil.