Pour l'enseignement facultatif, le contrôle en cours de formation s'organise en deux parties :
― la première s'appuie sur la pratique de deux APSA, relevant de deux compétences propres à l'EPS. Une au moins des APSA est choisie sur la liste nationale des épreuves et des activités correspondantes, l'autre peut être issue de la liste académique. Une des deux APSA peut appartenir à l'ensemble certificatif prévu pour l'enseignement commun. Les notes sont attribuées en référence au niveau 5 du référentiel de compétences attendues des programmes ;
― la seconde s'appuie sur un entretien qui permet d'apprécier les connaissances scientifiques et techniques du candidat et plus largement sa capacité de réflexion au regard de la pratique des APSA supports de l'enseignement facultatif.