Le diagnostic d'une installation de mesure est effectué sur un banc d'essai soit par un organisme accrédité à cet effet par le Comité français d'accréditation (COFRAC), soit par un organisme signataire de l'accord international « European Cooperation for Accreditation of Laboratories » (EAL), ou par un organisme équivalent reconnu par cet accord.
Le diagnostic peut également être effectué sur site par un organisme habilité pour la réalisation de contrôles techniques conformément aux dispositions de l'article R. 213-48-34 du code de l'environnement ou par l'un des organismes mentionnés à l'article 13 de l'arrêté du 6 mars 2007 susvisé, à la condition qu'il soit désigné par le ministre en charge de l'industrie, conformément au titre VI du décret du 3 mai 2001 susvisé pour la vérification périodique de la même catégorie d'instruments de mesure.
A l'issue du diagnostic, l'organisme compétent fournit au redevable un rapport préconisant, le cas échéant, les améliorations nécessaires. Ce rapport est tenu par le redevable à la disposition de l'agence de l'eau et du service de police de l'eau ou de l'inspection des installations classées pour la protection de l'environnement.
L'écart maximum toléré, exprimé en pourcentage, mis en évidence lors du diagnostic dans la plage de mesure et dans les conditions assignées de fonctionnement, est fixé à plus ou moins 5 % pour les installations de mesure des écoulements en charge et à plus ou moins 10 % pour les installations de mesure des écoulements à surface libre.