Le conseil de perfectionnement est présidé par l'inspecteur général des affaires maritimes ou son représentant.
Outre son président, le conseil de perfectionnement est composé de :
1° Le directeur en charge des affaires maritimes ou son représentant ;
2° Le directeur en charge des pêches maritimes ou son représentant ;
3° L'inspecteur général de l'enseignement maritime ou son représentant ;
4° Le directeur interrégional de la mer pour la façade nord atlantique, Manche ouest ou son représentant ;
5° Le commandant de l'école navale ou son représentant ;
6° Le directeur départemental des territoires et de la mer de la Loire atlantique ou son représentant ;
7° Le directeur délégué pour la mer et le littoral du Morbihan ou son représentant ;
8° Le chef du département de droit public et des sciences politiques de l'université de Nantes ;
9° Deux personnalités qualifiées du secteur maritime ;
10° Le directeur des écoles militaires ou son représentant ;
11° Un administrateur des affaires maritimes ayant quitté l'école depuis moins de six ans ;
12° Un officier du corps technique et administratif des affaires maritimes ayant quitté l'école depuis moins de six ans.