Les écoles sont conjointement dirigées par un officier supérieur du corps des administrateurs des affaires maritimes.
Il est nommé par arrêté du ministre chargé de la mer.
Il propose le règlement général de la scolarité des élèves officiers et officiers stagiaires à l'inspecteur général des affaires maritimes.
Il arrête le contenu et le calendrier des différents cycles annuels de formation.
Il fixe le régime des permissions dans le cadre des cycles annuels de formation.