Le règlement comptable et financier du comité national et des comités régionaux de la conchyliculture est défini par arrêté conjoint du ministre chargé de l'aquaculture et du ministre chargé du budget.
Les documents budgétaires prévisionnels des comités sont approuvés par l'autorité administrative ayant procédé à la nomination des membres de ces comités. Cette approbation vaut autorisation d'exécution.
Les comptes financiers de ces comités sont approuvés par l'autorité administrative ayant procédé à la nomination des membres de ces derniers, après certification par un commissaire aux comptes et approbation par le conseil.