Pour exercer les missions prévues à l'article L. 912-7 du code rural et de la pêche maritime, les comités régionaux sont, dans leur ressort territorial, chargés :
a) D'étudier, de formuler et de proposer des recommandations relatives :
― aux méthodes de production et d'exploitation du domaine conchylicole, notamment en ce qui concerne la coexistence et le développement des différentes activités conchylicoles dans les mêmes zones de production ;
― aux bonnes pratiques culturales, en particulier en matière de densité et de durée d'élevage ;
― à une meilleure adaptation de la production aux besoins du marché ;
b) De réaliser des actions de promotion en faveur des produits conchylicoles de leur région ;
c) De créer ou de provoquer la création, de faciliter ou d'assurer la gestion d'actions collectives de nature à favoriser l'exercice de la conchyliculture, dont ceux destinés à améliorer la productivité des exploitations ou à organiser l'exploitation des bassins conchylicoles tels que le balisage, l'entretien des accès et chenaux, le dévasage et l'éradication des parasites ;
d) De proposer ou de prendre toutes mesures tendant à améliorer la formation professionnelle et l'emploi ;
e) De participer à la protection et à l'amélioration de la qualité des eaux conchylicoles ;
f) D'informer leurs membres des mesures prises par le comité national et d'en assurer l'exécution.
En outre, les comités régionaux sont, auprès des pouvoirs publics, les organismes représentant les intérêts conchylicoles de leur ressort territorial ; leur rôle est alors purement consultatif.
Les comités régionaux peuvent recruter et rémunérer des gardes-jurés chargés de veiller au respect de l'application des réglementations en matière de gestion des ressources halieutiques, et notamment de surveiller le domaine conchylicole et les bancs naturels dont la garde est confiée aux comités régionaux.