Le conseil règle par ses délibérations la vie du comité. Il se réunit sur convocation du président du comité, qui en fixe l'ordre du jour.
Le conseil est également convoqué soit à la demande du ministre chargé de l'aquaculture, soit à la demande de la majorité de ses membres. L'ordre du jour de la réunion comporte alors prioritairement les questions pour lesquelles elle a été convoquée.
Le conseil ne délibère valablement que si la moitié de ses membres est présente. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil se réunit de droit dans un délai d'au moins deux semaines après une nouvelle convocation portant sur le même ordre du jour et spécifiant qu'aucun quorum ne sera exigé. Les délibérations sont alors adoptées à la majorité des membres présents.
Le ministre chargé de l'aquaculture est informé de toutes les réunions, auxquelles il peut participer ou se faire représenter, et dont les projets de délibérations ainsi que les délibérations votées lui sont transmis.
Sur décision prise à la majorité de ses membres, le conseil peut déléguer à son bureau les pouvoirs qui relèvent de sa compétence, à l'exception des délibérations relatives au budget, aux comptes de fin d'exercice et aux cotisations professionnelles.
Lorsqu'elles sont adoptées par le bureau, les délibérations du comité ne peuvent pas être rendues obligatoires en application de l'article 10.
Lorsque le comité est consulté en application de l'article 2, les membres du conseil ou du bureau peuvent, avec l'accord du président, participer aux débats par des moyens de téléconférence, de visioconférence ou de communication électronique permettant leur identification et leur participation effective à une délibération collégiale. Ce moyen ne peut pas être utilisé lorsque le vote est secret. Leur participation est prise en compte pour le calcul du quorum.