Le conseil du comité national comprend entre cinquante et soixante membres, dont au moins 50 % de membres représentant les exploitants, et un nombre égal de suppléants.
Le conseil est composé d'un groupe « Production » et d'un groupe « Distribution et transformation ».
Le groupe « Production », qui représente au moins 60 % du conseil, est composé de représentants :
― des exploitants exerçant les activités conchylicoles mentionnées à l'article 1er du décret n° 83-228 du 22 mars 1983 ;
― des salariés employés à titre permanent dans les exploitations conchylicoles.
Les représentants des exploitants incluent des représentants :
― des organisations de producteurs reconnues ;
― des professionnels du secteur coopératif ;
― des écloseurs.
Le groupe « Distribution et transformation » est composé de représentants des entreprises de la transformation et de la distribution des produits de la conchyliculture (notamment grossistes, poissonniers-détaillants, restaurateurs, écaillers, grandes surfaces).
Un arrêté du ministre chargé de l'aquaculture fixe le nombre et la répartition des membres du conseil du comité national entre les différentes catégories professionnelles susmentionnées, en assurant une représentation équilibrée des différents secteurs de la production et de la distribution, ainsi que des différents bassins de production.