L'autorisation d'occupation est délivrée par arrêté du préfet pris conjointement avec le préfet maritime ou le délégué du Gouvernement pour l'action de l'Etat en mer. Elle comporte la délimitation de la zone et définit les conditions de son aménagement et de son fonctionnement en prenant en compte les impératifs et objectifs mentionnés à l'article R. 2124-41. Elle énonce notamment les prescriptions nécessaires pour assurer la sécurité des personnes et des biens et la protection de l'environnement.
Elle fixe la période annuelle d'exploitation de la zone ainsi que la proportion des postes de mouillage réservés aux associations et aux navires ou bateaux de passage. La proportion des postes réservés aux navires ou bateaux de passage ne peut être inférieure à 25 %.
L'autorisation précise si l'utilisation des mouillages est subordonnée au règlement par l'usager d'une redevance pour services rendus.
Elle ne vaut pas autorisation au titre de la police des eaux.