Les questions soumises au Conseil supérieur de la fonction publique des communes de la Polynésie française sont soit inscrites directement à l'ordre du jour de l'assemblée plénière, soit renvoyées pour instruction à l'une des formations spécialisées. Une fois cette instruction terminée, l'affaire est portée devant l'assemblée plénière.
L'assemblée plénière du conseil supérieur peut donner délégation au bureau et aux formations spécialisées pour émettre des avis et des recommandations. Le bureau et ces formations sont alors habilités à présenter ces avis et recommandations au haut-commissaire de la République en Polynésie française. Toutefois, un tiers au moins des membres présents d'une formation spécialisée ou du bureau a qualité pour demander le renvoi en assemblée plénière.
Seule l'assemblée plénière du conseil supérieur peut présenter des propositions en matière statutaire. Ces propositions sont transmises au haut-commissaire de la République en Polynésie française.