Le président du conseil supérieur est élu à la majorité absolue des suffrages exprimés au premier tour et, s'il y a lieu, à la majorité relative aux tours suivants. Au troisième tour, en cas d'égalité, l'élection se fait au bénéfice du candidat le plus âgé. Les fonctions du président cessent après l'élection des représentants des communes au comité des finances locales suivant le renouvellement général des conseils municipaux. Toutefois, son mandat se trouve prorogé jusqu'à l'installation de son successeur. Les fonctions de président sont renouvelables.
Le bureau du conseil supérieur établit l'ordre du jour des séances du conseil.
Le Conseil supérieur de la fonction publique des communes de la Polynésie française détermine la composition de son bureau qui ne peut comprendre plus de la moitié des membres du conseil réuni en formation plénière et en désigne les membres.
La présidence du bureau est assurée par le président du conseil supérieur. Le bureau coordonne l'activité des formations spécialisées. Il peut recevoir délégation de l'assemblée plénière pour émettre des avis ou des recommandations.