Les travaux du comité scientifique s'organisent sur saisine des ministres chargés des personnes âgées et de la santé et du comité national de pilotage chargé de la gouvernance des référentiels AGGIR et PATHOS. Le comité scientifique rend des avis à leur demande.
Un règlement intérieur, proposé par le président, fixe les conditions de fonctionnement du comité scientifique, et notamment les modalités de quorum et de vote.
Le comité scientifique auditionne les personnes qualifiées dont l'expertise est utile à ses travaux. Il expose la teneur de ceux-ci aux fédérations de gestionnaires d'établissements hébergeant des personnes âgées dépendantes et aux professionnels du secteur.
Les frais de fonctionnement et le secrétariat technique du comité scientifique sont pris en charge par le budget de la Caisse nationale de solidarité pour l'autonomie.