Sans préjudice du code des douanes, le contrôle des personnes physiques ou morales titulaires des autorisations mentionnées au présent décret est exercé sur pièces et sur place, suivant leurs attributions respectives, par les ministères intéressés qui désignent les organismes chargés d'exercer cette mission. Ce contrôle est mené conformément aux dispositions mentionnées à l'article L. 2339-1 du code de la défense.
Le contrôle sur pièces exercé par les agents habilités du ministère de la défense permet de vérifier la cohérence entre, d'une part, les autorisations et les licences détenues et, d'autre part, les comptes rendus et les informations transmis à l'administration. Dans le cadre de ce contrôle, l'administration peut demander toutes les pièces justificatives, en particulier les contrats, dont la production est jugée utile à l'exécution du contrôle.
Le contrôle sur place exercé par les agents habilités du ministère de la défense consiste à vérifier, dans les locaux des titulaires des autorisations de fabrication, de commerce et d'intermédiation, d'importation, d'exportation ou de transfert, la cohérence entre, d'une part, les autorisations, les licences détenues, les comptes rendus transmis à l'administration et les registres et, d'autre part, toutes les pièces justificatives, en particulier les contrats, et les matériels entreposés et en fabrication.
La personne contrôlée doit mettre un local adapté à la disposition de tout agent habilité effectuant un contrôle sur place.
A l'issue du contrôle effectué sur place, l'agent habilité établit un procès-verbal de contrôle relatant les constatations effectuées.
Les procès-verbaux de contrôle établis par les agents habilités du ministère de la défense sont transmis à un comité chargé du contrôle a posteriori placé auprès du ministre de la défense et dont l'organisation et les compétences sont fixées par arrêté du ministre de la défense.