Le directeur général est nommé par décret en conseil des ministres sur proposition des ministres de tutelle. La durée de son mandat est de quatre ans renouvelable une fois.
Le directeur général :
1° Assure la direction générale de l'institut ;
2° Fixe l'organisation de l'institut et assure le fonctionnement des services ;
3° A autorité sur l'ensemble des personnels et définit leurs attributions ;
4° Nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination ;
5° Représente l'institut en justice et dans tous les actes de la vie civile, dans ses rapports avec les tiers et dans les relations internationales ;
6° Signe les contrats, conventions et marchés ;
7° Prépare les délibérations du conseil d'administration et s'assure de leur exécution ;
8° Est ordonnateur principal des dépenses et des recettes. Il peut désigner des ordonnateurs secondaires.
Le directeur général peut déléguer sa signature à des agents de l'institut dans des limites qu'il détermine.
En cas de vacance du poste de directeur général, les ministres de tutelle désignent la personne chargée d'assurer l'intérim jusqu'à la désignation d'un nouveau titulaire des fonctions en cause.