L'Ecole supérieure de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche comprend :
A. Le département des formations de l'enseignement supérieur et de la recherche ;
B. Le département des formations de l'enseignement scolaire et de l'innovation ;
C. Le département des relations internationales et des partenariats ;
D. Le secrétariat général, comprenant, outre la cellule informatique, la cellule communication et qualité et la cellule gestion des ressources humaines :
― le bureau des affaires financières ;
― le bureau de l'accueil des stagiaires, du patrimoine immobilier et du service intérieur.
Les chefs de département ont qualité d'adjoint au directeur pour les questions relevant de leurs compétences.