Afin d'adapter leur fonctionnement aux contraintes liées à l'éloignement ou aux besoins particuliers de certaines formations administratives, les cercles et foyers peuvent comporter des unités de gestion dont la liste est fixée dans l'arrêté de création de l'établissement.
Pour orienter l'exploitation et la gestion courante d'une unité de gestion, le conseil d'administration est assisté par un comité de pilotage ; ce dernier lui adresse ses propositions éventuelles. Les membres du comité de pilotage sont nommés par le président du conseil d'administration après consultation et accord de leur autorité d'emploi.