Les membres des collèges perçoivent une indemnité forfaitaire pour chaque réunion. Ils peuvent également percevoir une indemnité forfaitaire pour chaque rapport dont ils sont chargés par le Défenseur des droits.
Le montant de ces indemnités est fixé par un arrêté conjoint du Premier ministre et du ministre chargé du budget, sur proposition du Défenseur des droits.