Le conseil d'orientation de l'observatoire se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président. Outre ces deux réunions, il peut également se réunir à la demande de son président, ou de la majorité de ses membres.
La délégation interministérielle à l'aménagement du territoire et à l'attractivité régionale assure le secrétariat de l'Observatoire des territoires.