Par délégation, le ministre auprès du ministre d'Etat, ministre des affaires étrangères et européennes, chargé des affaires européennes, dispose des services placés sous l'autorité du ministre d'Etat, ministre des affaires étrangères et européennes, mentionnés par le décret n° 2009-291 du 16 mars 2009, notamment de la direction de l'Union européenne.
Il dispose également du secrétariat général des affaires européennes, qui lui présente notamment l'état des dossiers relevant de son ressort.
Les autres départements ministériels lui assurent, en tant que de besoin, le concours de leurs services.
Le ministre auprès du ministre d'Etat, ministre des affaires étrangères et européennes, chargé des affaires européennes, assume les fonctions de secrétaire général pour la coopération franco-allemande.