L'Ecole nationale supérieure des ingénieurs d'infrastructure militaire est placée sous le commandement du directeur central adjoint du service d'infrastructure de la défense, responsable notamment de la formation dispensée et de la discipline. Il est assisté par le sous-directeur organisation ressources du service d'infrastructure de la défense.
Le conseil de formation est composé du directeur central adjoint du service d'infrastructure de la défense, du sous-directeur organisation ressources de la direction centrale du service d'infrastructure de la défense, du chef de bureau carrière mobilité de la direction centrale du service d'infrastructure de la défense. Ce conseil se réunit au moins une fois par an. Il est consulté sur le contenu et le déroulement des formations et il propose les évolutions de la scolarité qui lui paraissent nécessaires.